>Ho notato come prima cosa che i servizi erano fermi (li ho fatti ripartire a mano) e messi in "disabled".
Questa cosa è abbastanza sospetta da soli non vanno in questa modalità tra l'altro dovresti trovare nell'event viewer quando è stata cambiata la modalità, a naso direi che qualcuno è intervento e bisognerebbe capire cosa ha fatto/installato o configurato
Per il rebuid delle virtual directories vedi questo
http://exchangeadventures.com/2010/...-2010-sp1/ e poi spulcia l'event viewer per vedere se ci sono errori e capire cosa è sucesso